衛福部表示，2013年二代健保施行後，依健保法第24條規定，健保會應於年度開始1個月前依協議訂定之醫療給付費用總額，完成該年度應計之收支平衡費率之審議，報衛福部轉報行政院核定後公告之。因此，每年皆應依收支平衡之精神檢討費率。
衛福部指出，最近一次調升費率是在2000年4月1日，由4.55％調整為5.17％，此後則是2度調降。首先是配合2013年二代健保施行，在擴大費基新增補充保險費及強化政府負擔等財源下，調降為4.91％；嗣因健保會於2015年11月20日第10次委員會議審議2016年度費率時，研訂實務面用以審議費率之「全民健保財務平衡及收支連動機制」，並據以建議調降2016年度費率至4.69％（補充保險費費率連動調降為1.91％），經衛福部轉報行政院核定後實施迄今。健保財務也因此自2017年度起開始入不敷出，且短絀數逐年擴大，健保署估計，若維持現行費率，2021年之安全準備將不足一個月保險給付支出之最低法定標準。
衛福部表示，調整後原本接受政府全額補助約126萬民眾（如低收入戶、替代役…等），其保險費負擔皆不受影響；至於受僱者平均每人增加63元，7成以上每月增加70元以內；以月薪2.4萬元、3萬元、7萬元及18萬元為例，每人每月分別增加34元、44元、105元及262元。
自2021年1月1日起，健保費率將由現行的4.55％調整為5.17％。由於基本工資也將從現行的新台幣2.38萬元調漲至2.4萬元，因此若以領基本月薪24K的情況來看，每個人每月需多繳34元保費。