此次環境影響評估重點因澎湖地區水資源缺乏，加上旅遊淡旺季用水、污水排放量差異大，開發單位預計設置海水淡化廠作為供水來源，淡季污水將全數回收再利用，並承諾提升旺季污水回收率。飯店營運期間預估每日用水量約133噸，本案原本計畫供水來源為自來水及地下水，卻因缺乏具體規劃遭環委質疑。
承鋒公司打算興建一座150噸的海水淡化廠，並設置可供三天使用量的儲水槽，以確保穩定供水。針對環委關注的淡水得水率，和廢水放流對環境的衝擊，開發單位表示1噸海水經淡化機組會產生0.37噸淡水及0.63噸廢水，廢水將利用專管排回海洋，經評估對海域水質影響輕微。
有關飯店營運期間的污水排放問題，開發單位原規劃將經過污水處理廠處理的放流水排入路旁土溝，卻遭地方民眾質疑會影響土壤與地下水，甚至導致植栽死亡。
對此,開發單位表示已取得西嶼鄉公所同意，將於澎2鄉道旁新設水泥排水溝，不會把放流水排入既有路邊土溝。