收費依據是依漁港法第12條規定，除本國籍漁船、公務船舶及緊急避難船舶免收管理費外，應向使用者收取漁港基本設施使用管理費，其收費類目及費率由中央主管機關定之，且漁業署自民國90年即已發布並施行漁港基本設施使用管理費收費類目及收費標準。
由於澎湖的67座漁港設施的修繕與維護，多數靠中央補助，但受到中央不再補助低度利用漁港的影響，為免加劇縣府財政負擔，落實使用者付費精神，縣府研擬收取漁港管理費，收費對象包括海上遊樂船舶，交通船、工作船、其他船舶、營業用途之加油、加水、加冰、修護等專用碼頭經營者，漁船不在收費之列。
工務處表示，雖然澎湖整個漁業結構在改變，管理成本卻不曾降低過，收取漁港管理費是落實使用者付費的精神，費用將用於漁業設施的健全，提供使用者一個更好的設備、環境，雖然辦法尚在研擬中，希望各界予以支持，一起愛護公有設施，把正向的循環建立起來，營造更友善使用的漁業環境。