根據審計部台灣省澎湖縣審計室公告指出，受少子女化現象影響，澎湖縣108學年度第1學期國中、小學營養午餐，供餐人數未達百人的學校有40所、1522人，占全縣51所的78.43%、學生數5557人的27.39%，多數國中、小學校因營養午餐用餐規模小，長期遭遇不易採購等困難，影響學校供餐品質。
審計室在108年11月查核發現，辦理午餐人力不足、不熟悉菜單營養設計、食材品質不穩及午餐經費不足等，是多數學校辦理營養午餐遭遇的困難，部分學校並有影響兼辦午餐教師教學品質情形。
審計室指出，參考澎湖縣馬公國民中學，學生人數千餘人具一定經濟規模，且進用營養師統一辦理飲食管理，營養及品質相較其他學校提高，例如每週提供1到2次在地有機蔬菜、使用未精緻食材比例提高等。
審計室說，另外也參考南投縣、嘉義縣等地方政府已採多校共廚供餐或聯合採購食材方式，提高午餐規模，改善偏鄉小校辦理午餐困難等實例，並在109年1月函請澎湖縣政府研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，澎湖縣政府已從109年9月10日啟動澎南4校營養午餐共廚措施，統整人力及經費資源，由專職管理人員辦理午餐共廚事務及監測學生飲食營養狀況，有效減輕教師行政負擔；後續將擇定其他區域學校實施，以改善小校辦理困境，提升營養午餐品質。