場館1樓設有綜合球場，可容納2,000人，2面籃球場或4面排球場、6面羽球場、商業空間。2樓配置韻律舞蹈教室、跆拳道室、辦公室等。3樓規劃體適能中心、兒童遊戲室及閱覽室。地下室設有機車停車場（100輛）。
澎湖為運動大縣，運動人口達80.3%，每人每週平均運動次數4.3次，全國排名第2，卻面臨缺乏現代標準球類運動訓練及比賽場地，以及體育設施空間不敷使用的困境。
「多功能綜合體育館」完工後，將可滿足籃球、排球等賽事場地需求，但仍有室內運動空間不足的困境，因此縣府向中央爭取5億（已獲蔡英文總統同意納入前瞻2.0）興建「縣民運動中心」，專供民眾休閒運動，將規劃桌球場、健身房、跆拳道室、直排輪場地、幼兒體操館、親子遊戲區、飛輪教室、舞蹈韻律教室、攀岩區、SPA三溫暖等。