行政院農業委員會為反映「農業用地變更使用」、「農業用地作農業使用證明」、「申請設置休閒農場」及「申請核定興建農舍之農民資格」等案件審查作業之實際行政成本，並落實使用者付費原則，業於109年7月3日公告修正「農業主管機關受理申請許可案件及核發證明文件收費標準」第三條、第四條之規定，並於同年7月5日起實施。
依據農委會公告之「農業主管機關受理申請許可案件及核發證明文件收費標準」第三條、第四條修正條文，有關「農業用地變更使用(如農變建)」審查規費由每件新臺幣2仟元整調高至3仟元整；本縣各公所辦理之「農業用地作農業使用證明」審查規費土地，原則上依申請之土地筆數計收，第一筆收取新臺幣5百元整，每增加一筆加收新臺幣3百元整(原每筆加收2百元整)，倘土地為分別共有者，依所申請之共有人數乘以共有土地筆數所得單位數計收費用。第一單位收取新臺幣5百元整；每增加一單位加收新臺幣3百元整。
另新訂「申請設置休閒農場」審查規費每件收取新臺幣1萬元整。但未涉及住宿、餐飲、農產品加工（釀造）廠、農產品與農村文物展示（售）及教育解說中心等設施者，每件收取新臺幣5仟元整；新訂「申請核定興建農舍之農民資格」審查規費，每件收取新臺幣5仟元整。民眾如仍有疑問，可向本縣鄉(市)公所或農漁局洽詢。