衛生局表示，先前因本島各機場及港口未實施體溫量測，發燒而有染疫疑慮的乘客可以自由出入澎湖，為避免海關成為疫情破口，縣政府率全國之先於2月6日起在機場及港口設置紅外線體溫測量儀，同為離島的金門縣及連江縣隨後在2月22日跟進。
因應中央統一規定，自4月1日起各機場及港口實施乘客體溫量測，未超標者才能登機搭船，在本島各縣市均有把關的前提下，金門於6月1日起撤除體溫測量儀，本縣及連江縣政府也決定設在機場及港口的測量儀於6月20日撤除。
衛生局呼籲，澎湖機場和港口的體溫撤測量儀雖然撤除，但能進入澎湖的遊客，均為體溫正常、旅遊史、接觸足跡無疑慮，各界可以放心，仍請鄉親做好個人衛生習慣。