在強化基本知能方面，一般科目選修課程均以國、英、數等科目為主；在增強技能方面，以注重職業道德、人文素養與終身學習理念之培養為要，以建全學生之人格。
電子科專業教師在教學上，理論與實習並重；一年級著重學生基本知識觀念的培養及基礎電子實作能力；二年級擴展學生學習廣度，開設軟硬體相關課程，為學生在未來的進階學習奠定基礎；三年級則加深課程內容與複習，並著重輔導學生積極向上進修的興趣與能力。此外，搭配課程設計，選擇在未來不論就業或升學均較有助益的證照考試，輔導學生檢定，如工業電子丙級、電腦硬體裝修丙、乙級等。
近年透過爭取計畫經費，辦理各種教師與學生的研習，強化專業知能；帶領學生參與全國性專題競賽，屢獲佳績；積極更新與增添各種教學新穎的設備，如：電路雕刻機、3D列印機，除滿足教學需求外，讓學生有充足良好的實作環境。
澎湖海事電子科學生不論畢業後就投入就業市場，或進入大專院校進修畢業後再進入職場，所從事的行業非常之寬廣，舉凡各大公、私立機構所需之電子技術工程人員皆能勝任。尤其在升學方面，均以國立科大為主，如台科大、北科大、高科大…等等，亦可報考軍事院校等。相信以本校優秀之師資與設備下，必可培育出快樂、自信的澎水電子人，使其具有海闊天空之未來。