為因應新冠肺炎疫情延燒，本縣從率先在機場、港口架設體溫偵測儀，機場設立『居家檢疫報到站』、不准縣府員工請假出國，嚴禁與大陸漁船海上交易、防疫專車、另外，從3月25日起在機場、港口架設健保雲端查詢入境系統勾稽入境旅客旅遊史、嚴控居家隔離/檢疫以及停辦室內30人以上、戶外100人以上集會活動等等防疫作為。澎湖在賴峰偉縣長領導團隊通力合作下，樹立多項“防疫超前布署”典範，爾後其他縣市紛紛效仿跟進，這些成效要特別感謝所有參與防疫工作的夥伴，團結對抗戰勝病毒。
澎湖縣政府衛生局為迎戰武漢肺炎這場硬戰，打從平日的衛教宣導，口罩實名制代售、入境旅客體溫監測、疫情調查/監控、傳染途徑阻斷、防疫物資整備、居家關懷包、後送應變演練、視訊醫療、醫療分流規劃…等等鉅細靡遺的事項，均仰賴衛生局(所、室)全體員工總動員，如此艱辛的任務方能圓滿達成。
衛生局蕭靜蓉局長表示：防疫期間衛生局（所）員工上下齊心迎戰外，更沒輕忽其他衛生保健工作之推動，諸如成人健檢、癌症篩檢、預防注射、菸害防制、食品稽查…等等業務都齊頭並進，並未停歇。
同時，為提升本縣各衛生所衛生保健服務品質，澎湖縣政府衛生局特別安排於3月25～26日辦理『108年度各鄉市衛生所綜合業務考評』，針對各項衛生政策包括：醫政、長照、食品藥政、保健、防疫及衛生企劃業務等六大項，進行本縣各鄉市衛生所綜合業務評比活動。
衛生局蕭靜蓉局長亦強調為落實節能減碳、做環保政策，特別強調本次書面資料審核，皆能配合政府減塑政策，大部分資料採數位化方式（例如光碟），並藉由網路平臺查核各項衛生系統執行績效，真正達到優質化、透明化、ｅ化以及一致化的目的。
△108年度各鄉市衛生所綜合業務考評。
△食品稽查。
△成人健檢。