交通部訂定「居家檢疫者自機場返家交通方案」，並自3月4日起開始實施，澎湖籍居家檢疫者入境桃園機場後，除親友接送外必須依指示搭乘指定車輛至松山機場轉機回澎湖；自高雄機場入境欲轉搭輪船返澎者亦同。無論搭飛機或輪船返澎，均須立即至報到站辦理報到，如無親友可接送之居家檢疫者，須依指示於指定處所稍候，由報到站服務人員通報派遣防疫專車接送返家。
民政處表示，交通部訂定之「居家檢疫者自機場返家交通方案」自3月4日起開始實施，宣導期一週，自109年3月11日起倘入境居家檢疫者有違反該方案規定，仍搭乘大眾運輸者，將依「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」第15條處以新臺幣10萬元以上100萬元以下罰鍰，請鄉親們要特別注意。