縣府於106年完成「澎湖地區地下水保育管理實施計畫」，針對「逐步減抽」、「積極補注」、「建全管理」等三大策略執行，並經由行政院於107年6月份核定「離島地區供水改善計畫第二期」，由縣府負責執行地下水觀測站網建置、停用水井再利用評估及地下水抽水地圖等工作，期望整合建置地下水水位、水質監測系統與情勢分析的強化，逐步掌握本縣地下水系統變化，並作為後續推動地下水保育之目的。
本計畫預定於本縣設置12口觀測井長期監測本縣地下水狀況，本府108年度已完成志清國中地下水觀測井及抽水地圖網站建置，本年度將持續於風櫃及隘門建置兩口地下水觀測井，並持續收集分析地下水相關資訊，建構完善的地下水監測機制。
縣府亦呼籲民眾應珍惜水資源，勿違規超抽地下水，為離島的資源永續盡一份心力。