澎湖縣政府旅遊處表示，「世界最美麗海灣」始自105年即開始申請補助計畫，105年及106年各申請700萬計畫皆已順利核銷完成，補助款項亦已入庫，107年則總共爭取年會、嘉年華、全球行銷及獎勵參與等計畫總計8,000萬，辦理完畢後亦積極向中央爭取核銷，但在經過長期的溝通以及書面往返後，中央最後仍因部分施作項目與當時核定計畫內容及執行期程，以及重複補助或超過補助額度又或者不符離島建設基金使用規範等理由，決定2,425萬不予補助，相關執行款項大多已由縣庫先行代墊支付，尚未支付款200多萬，補助經費未能全數獲交通部觀光局同意核銷部分，涉執行不當情節將依規簽辦相關經辦人員懲處，後續亦將循預算編列程序補編不足款項。
目前中央確定不予補助項目及原因，包含2019跨年晚會、2018澎湖迷彩大行軍、2018海島嘉年華等項目遭認定不符計畫期程或屬縣府既有活動，澎湖吉祥物相關委託案、世界最美麗海灣澎湖Travel形象網站、世界最美麗海灣嘉年華暨組織年會委託案自辦費用等項目經審核應以縣府自有經費支應，補助全球慈善皇后、世界最美麗海灣VR體驗計畫、電動車體驗等項目則因超過計畫核准補助額度，另外還有主題曲創作、風箏表演賽因前已取得澎管處部分補助，因此遭中央判定不得再以世界最美麗海灣計畫申請剩餘經費補助，而2018年熱門一時的伴手禮案以發放在地伴手禮給遊客促進冬季觀光，則遭中央判定僅給予672萬補助款，其他經費需由縣府自籌。
「世界最美麗海灣」當時獲得許多中央單位支持以及經費補助，縣府亦傾全力辦理，而相關計畫核銷作業歷時一年多，期間縣府旅遊處盡力向中央爭取說明，財政、主計亦鼎力相助提供專業意見，惟仍有近三分之一經費最後遭核定不予補助，因縣庫前已代墊大部分經費，後續如何編列經費彌補縣庫呆帳將成為一大難題。