行政院副院長陳其邁於1月31日邀集各縣市長，召開中央與地方防疫視訊會議，會中澎湖縣長賴峰偉希望中央加強驅離大陸漁船，並獲得陳其邁當場允諾。艦隊分署立即調整艦船艇的部署工作，並且提高海上巡邏密度。
澎湖海域昨日起改採澎南、澎北雙艦共巡模式，以強化澎湖海域治安，另協調空勤總隊直昇機擴大偵尋範圍，海空共同監控海域情勢；臺灣北部、西北、中部及外離島海域等大陸漁船越界作業熱區，改採全天候「一艇巡邏、一艇待命」，必要時採取雙艇巡邏，岸際雷達則嚴密監控併靠船舶，強力取締海上交易行為，嚴防嚴重特殊傳染性肺炎疫情入侵。
艦隊分署表示，面對嚴重特殊傳染性肺炎防疫工作，海巡人員已做好長期抗戰的心理準備，海巡單位除持續與防檢疫機關密切配合，絕不讓海上、岸際產生防疫破口，艦隊分署並要求海巡人員執勤時注意自身的防疫措施，採取完善防護作為；同時也呼籲國籍船舶切勿違法與陸船進行海上交易，如發現大陸漁船蹤跡時，請立即撥打海巡署118免費報案專線。
△肺炎防疫升級巡防艦「偉星號」、「巡護七號」進駐澎湖南、北海域疫情阻絕於海上。（澎湖海巡隊提供）