每天都有數百位讀者在圖書館使用各項資源，目前圖書館除加強各項環境清潔消毒工作，也提供進館讀者酒精消毒及量測體溫。
本款圖書滅菌機採用臭氧與紫外線雙重除菌方式，利用臭氧風扇將書籍中之細菌進行消毒，再搭配紫外線殺菌燈將機體內之細菌徹底去除，一次可消毒12本圖書，是圖書館書籍維護及保障讀者健康的最佳方式。
文化局表示，自2月26(三)起，配合防疫措施，讀者於週三至週日統一由圖書館一樓大門出入及量測體溫，二樓閱覽室大門將予以關閉，閱覽室出入動線調整為由澎湖縣圖書館大門進入後，經由圖書館內部進出，開放時間改為上午九時至晚上九時，二樓閱覽室大門僅於週一及週二開放，開放時間改為上午九時至下午五時三十分，請讀者一起配合，將肺炎病毒阻絕於外。
同時，大家在疫情尚未平息的期間，居家可多加利用圖書館購置的電子書，不僅能大幅降低接觸潛在病毒的風險，更可透過閱讀，降低在疫情嚴峻期間所積累的不安與壓力，讀者可上網檢索澎湖縣圖書館電子書，點選閱讀。
此外，國家圖書館特別精選多元豐富的線上閱讀及學習資源，並建置「居家防疫．閱讀給力－國圖精選資源專區」以提供民眾在家即可博覽群書，隨心學習，於舒展身心並注入能量之餘，亦可增長知識，相關資源可檢索國家圖書館防疫專區。