陸委會表示，有關金馬地方政府建議暫停小三通客船往來事，基於防疫優先，經中央流得疫情指揮中心（下稱疫情中心）討論，將自109年2月10日起實施，並由陸委會辦理後鎮報院程序。
陸委會說明，此為第2次因應防疫需要，瞥停小三通客船往來。依據「試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法」第32條規定。92年因應SARS疫情蔓延，政府即曾暫時關開金馬小三通客船往來。
因應新型冠狀病毒肺炎疫情升高，政府持續強化入境管制。陸委會強調，小三通貨運還會繼續，是先停止小三通客運，至於大三通的客運昨天也已經討論要停止，奉准後就會停，防疫最重要是要減少人員流動，會往這個方向來做。
考量目前在陸的金馬澎鄉親返鄉需要，經參考地方意見,暫停措施將自2月10日起生效。相關機關亦將儘速完成暫停兩岸小三通客船往來之相關準備。