澎湖內海底泥沉積及水質優養化問題嚴重，地方、中央都相當重視，日前環保署邀集國立成功大學進行調查評估，尋求改善馬公內灣海域環境辦法，讓內海海域生態能永續經營。
對於成大試驗不如預期，張再興認為縣府應該以「開流節源」方式，才有辦法改善內海水質；他解釋節源正如字面上意思，阻止汙染源排入內海，而開流則可在鐵線至鎖港間開闢航道，增加海水交換，這在早前日據時代日本人就有相關籌畫，此事他曾與前縣長建議過，後來因為鎖港鄉親質疑會破壞風水而作罷。
張再興指出，家庭、平台養殖廢水外，據他旁敲側擊打聽之下，海軍馬公海二廠才是造成內海汙染的最大嫌疑犯；他肯定海二廠維修軍艦、保家衛國的辛勞，但所有的船隻，包括軍艦都需要進入船塢做保養、維修、檢查與清潔，所形成廢水對澎湖是種長期汙染，由於是軍事重地，外界對於船廠究竟是如何控管、處理汙水不得而知，他呼籲縣長展現魄力，責成環保局長前往釐清、或力邀請海軍指揮官說明，甚至讓軍方在道義上，共同負責來改善內灣海域。