學校輔導工作歷經演變與不斷的精進，逐漸發展出「三級輔導」的架構。「初級輔導」又稱為「發展性輔導」，透過校長的領航，導師的班級經營，以及全校教師的全面關懷，共同推動每個孩子的生活、學習以及生涯輔導，進而引導學生發揮潛能，樂於學習。「第二級輔導」又稱為「介入性輔導」，當少部分的學生面臨人際交往困難、就學適應困境，或是家庭發生急難變故，便需要學校進一步的輔導介入。目前澎湖縣各國中、小皆編制專、兼任輔導教師，協助學生的就學適應與心靈成長。
「第三級輔導」又稱為「處遇性輔導」，當學生面臨嚴重適應困難、行為偏差或重大違規行為，經過發展性與介入性輔導仍無法有效改善時，便是處遇性輔導工作發揮功能的時機。目前，澎湖縣第三級輔導人力配置於「學生輔導諮商中心」，包含具有專業證照的心理諮商師與社會工作師，針對學生的個別需求，分別給予必要的輔導與協助，並適切的聯繫社政、衛政、醫療及警政等資源。
澎湖縣教育處蘇啟昌處長表示，學校輔導工作歷經了數十年的發展，已建構出一套適合台灣學生的輔導模式。現今，少子化問題日趨嚴重，未來必將衝擊台灣的社會發展，因此，每個孩子都是國家重要的資產，藉由學校輔導工作，不放棄任何一個孩子，並提升孩子的心靈視野。
△學校三級輔工作模式。
△諮商心理師以「小團體」形式進行輔導。