陸委會指出，小三通政策90年1月1日開始辦理，初期以金門、馬祖為主，澎湖採專案辦理，但97年10月起修訂「試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法」，已實施澎湖小三通常態化，目前澎湖小三通已超過10年。
陸委會說，由於澎湖距離中國大陸福建地區之港口較遠，且冬季遭受海象之影響，不易透過海運往返中國大陸，導致澎湖小三通客運發展不易，目前客貨運僅有包船，尚無定期航班。陸客團大都採取金門小三通航運到金門，再搭乘金門至馬公間航空班機前往旅遊。
賴峰偉回擊澎湖小三通「有名無實」
晚間，縣長賴峰偉回擊澎湖小三通「有名無實」，賴縣長指出，澎湖雖然適用小三通，但只有「小三通之名，無小三通之實」，原因在於一直沒有與大陸建立穩定的海陸航線，陸客大多透過金門進入澎湖，運能相當有限，前兩年澎湖的大陸觀光客1年僅3千餘人，現行小三通對澎湖尚無明顯助益。
稍後陸委會又針對賴縣長回應發表聲明指出，中央一向非常支持澎湖發展，並致力澎湖與中國大陸之海空運輸便捷化，以促進陸客到澎湖觀光。政府不僅核定馬公港是「小三通」及「大三通」兩岸海運直航港口，亦將馬公機場列為「大三通」兩岸空運直航機場，只要澎湖縣政府提出需求，中央政府依照現行政策及法規，即可配合處理兩岸海空運直航相關事宜，沒有另需獲得中央政府同意的問題。
陸委會表示，賴縣長上任以來，陸委會持續與縣府保持聯繫溝通。今年5月澎湖與上海觀光包機首航，即是陸委會陳主委在聽取賴縣長建言後，極力促成，並已順利完成；麗星郵輪亦依現行規定予以核准，順利載運陸客到澎湖觀光。
陸委會重申政府歡迎陸客來臺（含金馬澎）觀光立場，強調澎湖備具「大三通」及「小三通」之兩岸海空運輸便捷機制。中央與地方政府是協力關係，只要對民眾有利，縣政府提出需求，中央政府一定儘量來配合。
稍後陸委會又針對賴縣長回應發表聲明指出，中央一向非常支持澎湖發展，並致力澎湖與中國大陸之海空運輸便捷化，以促進陸客到澎湖觀光。政府不僅核定馬公港是「小三通」及「大三通」兩岸海運直航港口，亦將馬公機場列為「大三通」兩岸空運直航機場，只要澎湖縣政府提出需求，中央政府依照現行政策及法規，即可配合處理兩岸海空運直航相關事宜，沒有另需獲得中央政府同意的問題。
陸委會表示，賴縣長上任以來，陸委會持續與縣府保持聯繫溝通。今年5月澎湖與上海觀光包機首航，即是陸委會陳主委在聽取賴縣長建言後，極力促成，並已順利完成；麗星郵輪亦依現行規定予以核准，順利載運陸客到澎湖觀光。
陸委會重申政府歡迎陸客來臺（含金馬澎）觀光立場，強調澎湖備具「大三通」及「小三通」之兩岸海空運輸便捷機制。中央與地方政府是協力關係，只要對民眾有利，縣政府提出需求，中央政府一定儘量來配合。
