環保局表示對於疫情期間殘餘之豬糞尿廢水、厭氧發酵後之沼液沼渣及污泥處理、排放之行為，領有水污染防治許可證文件之養豬場，依「水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法」第54條第1項規定，免申請或變更許可證；另全量沼液沼渣施灌且領有沼液沼渣農地肥分使用計畫之養豬場，免申請許可證。
針對畜牧業周邊溝渠，請水環境巡守隊志工，加強巡邏檢查，避免不肖業者拋棄病死豬隻或飼料，進入水體擴大污染範圍。環保局指出，本縣目前列管之畜牧場共有三家，而面對非洲豬瘟傳播擴散之嚴峻挑戰，希冀業者於平日應落實做好防疫工作，以避免疫情發生。