環保局表示，現行水污染防治法事業已管制達61種業別，本次修正主要係應實務管制需求，增訂管制。而本次修正重點如下：
一、增訂「從事收集畜牧糞尿或厭氧發酵後沼液沼渣，作為藻類、輪蟲、水蚤等水產種苗餌料或其他水產生物養殖之事業」，並以自來水水質水量保護區區內面積達0.25公頃以上者；區外面積達0.5公頃以上者作為管制適用條件，自108年7月1日生效。其管制標準項目及限值適用59「畜牧糞尿或生質能資源化處理中心（或沼氣再利用中心）」。
二、增訂業別61「海水淡化廠」，從事海水或半鹹水之集取、淡化，以提供用水之事業；並增訂21項管制標準項目。
三、增訂業別62「水庫總磷削減總量管制區之事業」，其管制對象、管制標準項目及限值，以直轄市、縣（市）主管機關公告水庫總磷削減總量管制區及管制方式為之。
四、增訂業別63「蒸汽供應業」，設置鍋爐，從事蒸汽製造、配送及供氣予他人，並產生廢水之事業，自108年7月1日施行；並增訂戴奧辛等46項管制標準項目，自109年7月1日施行。
五、增訂「作業環境內設置貯存設施，貯存水污染防治法第33條第1項經中央主管機關公告指定物質，其設施容積合計達200公升以上之事業」，自109年7月1日施行。
六、設置廢棄物焚化設施，其空氣污染防制設備採濕式或半乾式洗滌設施之事業，無論洗滌設施是否有產生廢水，放流水戴奧辛均應管制。另基於實務需求，高鹽度放流水（如以海水為基質者）總餘氯管制項目明確以氯生成氧化物進行管制。
環保局指出，本縣轄內水庫及海水淡化廠，均為攸關本縣民生及產業發展之重要事業，面對近年來澎湖觀光人數持續成長，用水量攀升之情形，環保局誠摯邀請縣民朋友們於日常落實節水減污之行動，並提醒各事業單位注意法規之修正，落實執行法令規定，共同為守護澎湖珍貴水環境盡一份心力。