農漁局林務所編列一百八十萬元，委託園藝公司設置花海，但前置作業的相關整地、除草、布置和搬運等工作，都是由林務所員工所完成，這些隱藏性的成本十分龐大。
花海開放後，有民眾認為，每年花費很多經費設置花海，都是春節應景，短期春節一過，便任由花朵荒蕪腐爛，隔年再花一次錢。這種一次性支出，浪費公帑人力。
有遊園民眾覺得，今年的花海有點稀疏，比不上去年，質疑林務所在陳光復時代，極力追求表現，現在換成賴峰偉就應付了事。
對於部分民眾的質疑，林務所感到非常冤枉。
站在林務所立場，每年的花海，他們都全心全力投入，為的要是讓民眾能夠欣賞大片漂亮的花海。特別是春節期間，大家前往花海走走，非常賞心悅目。
林務所強調，所內員工都是公務人員，每個人都在做自己分內的工作，怎會分哪位縣長當家，就認真做事？哪位縣長換人，就隨便做做，應付了事？
澎湖花海受到天候寒冷及花期影響，開花現象或許不如人意，但總不能指鹿為馬，誣指林務所是在選擇縣長做事，這似乎有點離譜。
