據民眾檢舉，11月24日選舉投票日當天，該報於第6版面刊登時為縣長候選人賴峰偉先生之競選廣告，疑有違反選罷法第56條第2款規定(政黨及任何人，不得於投票日從事競選、助選或罷免活動)之嫌。違反者可依同法第110條第5項規定，處新臺幣50萬以上五佰萬以下之罰鍰，並依同條款第7項規定，處罰委託人及受託人。
據悉，賴峰偉競選總部在事發第一時間即發表聲明及事後所交付選委會之意見陳述書中指出:競選服務處委託地方報社刊登競選文宣廣告，委刊期間係自107年7月19日起至107年11月23日止，為遵守選罷法競選時間之規定，在11月22、23二日，分別發出社群媒體簡訊給該報呂姓社長，提醒其務必遵守相關規定，並獲呂姓社長回覆「了解」二字，自認已善盡告知責任，刊登廣告一事與其本人無涉也不該歸責，並請選委會撤銷其涉嫌違反選罷法而予裁罰之意。
而澎湖時報在所繳交選委會之意見陳述書中則說明:該篇競選廣告係該報編輯作業疏失未予撤去，與候選人賴峰偉無關，自承應負違反公職選罷法相關責任。但，懇請選委會審酌，其刊登所生之影響甚微(當日登載於房地產廣告版面)，且係在委刊日之外，無法收費，並未因此獲得任何利益等實情，請依行政罰法第18條規定，從最低額再酌予減輕處罰，或免予處罰。
△賴峰偉競選團隊在記者群組中po出與報社社長對話記錄自清。