航港局10月2日於第一時間接獲第八(澎湖)海巡隊通報，立即成立緊急應變中心，掌握事故發生狀況，蒐集難船相關資訊(保險、船舶基本資料、位置資訊、船員名單)，提供海巡、澎湖縣政府及救難業者運用。事發當時，原欲將「盈海」輪拖帶回港，並出動兩艘救難船進行搶救，惟因天候影響致救難船舶無法臨靠，該船之後因進水嚴重而迅速沉沒。
航港局表示，「盈海」輪油艙存有重油15噸、輕油15噸，救難船曾嘗試登輪救援，因風浪太大且有生命危險之虞，無法順利上船，才考量找尋海象較佳時機進行拖救，隔日船舶沈沒，係因無法判斷船況所致，航港局強調，「盈海」輪雖已沉沒，但ㄧ切均依標準作業流程，啟動緊急應變機制，避免對環境造成影響。
為考量航行安全，航港局已發布航船佈告，通知往來船隻注意，並持續與海巡單位、澎湖縣政府聯繫，如發生油污染情形，將依應變計畫分工，通報權責單位應變處理。