燒香健康危害大，長期慢性吸入燃香釋放的有害物質，可能引發咳嗽、哮喘、過敏性鼻炎等呼吸系統疾病，給皮膚、眼睛、中樞神經系統帶來危害，嚴重的甚至會患上肺癌；此外，也會對心理狀態產生影響，中醫認為，燒香的香氣從口鼻、汗毛孔竅入體，通於肺腑氣血，對身心都有直接影響，其也會引起煩惱、火氣上升，不但無法使心神安寧，反使身心受損。
環保局指出，目前進入秋冬季節，東北季風漸強、氣溫也降低許多，因此民眾常常會緊閉門窗，讓家中無意間形成了密閉空間，如果室內燒香拜拜無保持通風，很容易長期暴露於高濃度有毒物質中，增加健康危害，尤其是學齡前幼童，血中鉛濃度比其他幼童高，長期累積下來的影響更不可小覷，新近研究也指出，兒童血中鉛濃度在10μg/dL（微克／每百毫升）以下，對於智力發展就可能有負面影響。
環保局再次提醒民眾，在室內無論是燒香或熏香，都必須注意保持通空氣流通，尤其睡前不應燒香或熏香，家中有孕婦、過敏體質者及哮喘病患者，也不宜燒香，容易加重病情惡化，環保局也建議民眾，以「一爐一清香」或「雙手合掌膜拜」之參拜方式代替線香燃燒，除可減少燒香對健康危害，更能提升空氣品質。